宍户留美

作为一个四年前从学校退学之后就一直靠啃老来过活的死宅男佐藤达广（小泉豊 配音）来说，今天也是家里蹲的一天。突然间，一阵敲门声打破了他的日常妄想。打开门，出现在门口的美少女让佐藤简直不敢相信自己的眼睛，而美少女说出的话也让佐藤吃惊的说不出话来。原来，少女名叫中原岬（牧野由 依 配音），自称是“日本废柴协会”的成员，而她此行到来的目的，正是帮助佐藤重新振作，脱离废柴的行列。　　一直住在隔壁的动漫美少女控山崎薰（坂口大助 配音）也是协会的一员？进入协会的首要任务就是制作H游戏？口口声声要帮助自己的中原自己也是一个只有靠帮助他人才能找到存在感的废柴？诸多事件的发生让佐藤渐渐开始怀疑，这个所谓的协会，很有可能是一个阴谋。

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

泽渡家的姐妹泉和美月为了保护宠物鳄鱼而离家出走，走投无路的她们经过一间大宅，发现招募女仆的告示。这间豪宅的主人是一位14岁少年——中林义贵，因为义贵的父母意外过世，义贵只得继承万贯家财，一个人住在豪宅。　　泉见义贵一表人才，便接受女仆的工作。可是没过多久，义贵就暴露了自己的兴趣，原来义贵是一个“萝莉控、制服狂、偷拍狂及GalGame狂”！　　想要逃跑的泉慌乱下打碎义贵的一个花瓶，欠下巨额债务，难道两姐妹就要和这个变态住在一起，并作为女仆服侍他吗？其实，这只是一个开始。

这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。一次偶然中，一直梦想者能够成为魔女的少女春风Doremi（千叶千惠巳 配音）撞破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡只得将春风收为见习魔女。春风必须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女的考试才能够正式获得魔女资格。　　在此之后，成熟稳重，性格文静的藤原羽月（秋谷智子 配音），精明强干活泼好动的妹尾爱子（松冈由贵 配音），傲娇跋扈但内心善良的濑川音符（宍戸留美 配音）春风的妹妹春风泡泡（大谷育江 配音）等人都因发现了春风的身份而接连成为了见习魔女。随着时间的流逝，对于女孩们来说，通过魔女考试反而成为了次要目的，最重要的是，一定要利用各自的魔法能力让人们获得幸福。

影片的设定图也一同曝光。本片是为纪念《小魔女DoReMi》推出20周年而推出，由原动画版原班人马制作。